Przyroda stanowi ogromne bogactwo i walory Krynicy i jej okolic, które przyczyniło się do rozkwitu uzdrowiskowych czy turystycznych walorów tego regionu. Beskid Sądecki w którym lezy Krynica pokrywają piękne lasy, wśród których przeważają drzewa bukowe w paśmie Jaworzyny Krynickiej oraz jodłowe i świerkowe w paśmie Zimnego i Dubnego. W 1987 roku dla zachowania niepowtarzalnych wartości krajobrazu naturalnego ustanowiono na obszarze Beskidu Sądeckiego Popradzki Park Krajobrazowy. W okolicach Krynicy znajduje się 16 rezerwatów przyrodniczych. Kompleksy leśne zamieszkiwane są przez rzadkie gatunki zwierząt i ptaków, a w lasach i na polanach występuje blisko 1000 gatunków roślin.
Na grzbiecie Jaworzyny Krynickiej widoczne są progi skał piaskowcowych wokół których utrzymały się karłowate buki. Na uwagę zasługuje skała zwana „Diabelskim Kamieniem” – kilkumetrowy grzyb skalny z pięknie zaznaczonymi i widocznymi warstwami piaskowca.
Głównym walorem naturalnym ziem Krynickich są źródła wody mineralnej: 23 ujęcia, w tym 5 źródeł naturalnych oraz 18 odwiertów. W okolicach Krynicy Zdój nie ma istotnych zbiorników wodnych, są natomiast jeziorka pochodzenia osuwiskowego. Na Górze Parkowej niektóre nisze osuwiskowe zostały przekształcone w malownicze małe stawy przepływowe np. stawy Czapli i Łabędzi.
Strefy roślinne w rejonie Krynicy Zdrój
Położenie Krynicy sprzyja występowaniu w tym regionie pięter górskich. W bogatej szacie roślinnej Pasma Jaworzyny Krynickiej występują trzy strefy: pogórze (do 550m n.p.m.), regiel dolny (do 1000m n.p.m.)
Strefa pogórza, oprócz pól rolniczych , pokryta jest zrębami lasów świerkowych z domieszkami grabu, dębu, lip, klonów, modrzewia, brzozy i topoli. W obrębie upraw rolnych na grunty orne przypada 65% powierzchni, a na pastwiska ok. 26%.
Większość obszaru gminy Krynica – Zdrój znajduje się w obrębie regla dolnego o wysokim udziale powierzchni leśnych. Dominują tu drzewostany jodły i buka z domieszkami wiązu górskiego, jawora i jesionu.